Når temaet for en kommende analyse vedr. ulighed i sundhed er godkendt af Sundhedsministeriet og Danske Regioner, nedsættes der et fagudvalg, som sammen med Behandlingsrådets sekretariat og samarbejdspartneren udarbejder analysen.
Fagudvalget består af en række medlemmer, hvoraf en del (programgruppen) udpeges for en treårig periode, mens den resterende del udpeges specifikt i forbindelse med det pågældende tema og således for et år ad gangen. Fagudvalget bidrager med faglig indsigt i det pågældende vidensområde, og fagudvalgets sammensætning har til formål dels at sikre specifik indsigt i det årlige analysetema og samtidig sørge for, at der er kontinuitet og sammenhæng mellem de årlige analyser.